Η Ανώτατη Εκκλησιαστική Ακαδημία (ΑΕΑ) Βελλάς Ιωαννίνων αποτελεί συνέχεια της Ανωτέρας Εκκλησιαστικής Σχολής Βελλάς Ιωαννίνων, η οποία υπήρξε η εκπαιδευτική συνέχεια του Ιεροδιδασκαλείου Βελλάς Ιωαννίνων. Η Σχολή Βελλάς Ιωαννίνων ιδρύθηκε το 1911 από το Μητροπολίτη Βελλάς και Κονίτσης, μετέπειτα Μητροπολίτη Ιωαννίνων και κατόπιν Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και πάσης Ελλάδος, Σπυρίδωνα Βλάχο και λειτούργησε ως Ιεροδιδασκαλείον. Έχει πλούσια εκπαιδευτική ιστορία και έναv αιώνα εκπαιδευτικής προσφοράς. Ο σκοπός της ίδρυσής της ήταν η μόρφωση Ιερέων και Διδασκάλων γιά την εξυπηρέτηση, κατά κύριο λόγο, των περιοχών της Ηπείρου και των ακριτικών περιοχών της Ελλάδας γενικότερα.